Das Mittelalterzentrum praktiziert offene Formen der Zusammenarbeit, insbesondere fallbezogene Kooperationen, die neue Aufgaben und Fragestellungen begünstigen.
Seine wichtigste Aufgabe sieht das Mittelalterzentrum darin, die mediävistische Grundlagenforschung zu stärken und die Zusammenarbeit aller Forscherinnen und Forscher zu fördern, die sich auf die Bewahrung, Präsentation und Verbreitung des kulturellen Erbes aus tausend Jahren Mittelalter in Schrift und Bild verlegt haben. Das Zentrum unterstützt deshalb die einzelnen Vorhaben bei der Durchführung und Absicherung ihrer langfristig angelegten Arbeiten (auch bei der Vorbereitung von Evaluationen und Anträgen) und regt besonders den Gedankenaustausch über Fragen der Quellenkritik und Zeugnisrepräsentation an. Diskussionsfelder ergeben sich durch die Konzentration der Vorhaben auf die Bewahrung der Überlieferung (Handschriften, Sachzeugnisse) durch Konservierung, Archivierung, Beschreibung und photographische Reproduktion; die Ausgabe kritischer Editionen von mittelalterlichen Texten, gegebenenfalls mit Sachkommentaren und Übersetzungen in moderne Verkehrssprachen; quellenbezogene Nachweise (Regesten, Kataloge) von Ereignissen, Sachen und Personen; die stärkere Verbreitung von Quellentexten und -nachweisen in digitalisierter Form. Wo immer möglich, unterstützt das Mittelalterzentrum die Arbeit an mittelalterlichen Wörterbüchern und Inschriften, die in ihren ersten Jahren zu den Aufgaben der Akademie gehört haben.
Das Mittelalterzentrum agiert aber nicht nur projektbezogen, sondern es vermittelt auch die spezialisierte Mediävistik nach außen.
Die Expertise aller Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter in historischen Grundwissenschaften – Editionstechnik, Handschriftenkunde, Paläographie und Diplomatik, Bilddokumentation, Regestierung und Katalogisierung – wird gebündelt und in verschiedenen Formen der Lehre weitervermittelt. Das Zentrum kann und soll Lücken schließen, die der Abbau grundwissenschaftlicher Ausbildung an den Universitäten gerissen hat. Abgesehen von Lehrveranstaltungen an den Berliner Universitäten, die schon jetzt durch Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter angeboten werden, sind international ausgeschriebene Sommerschulen für Studierende mediävistischer Fächer geplant, die sowohl der Grundlagenforschung gewidmet sind, als auch in neue Fragen der interdisziplinären Mediävistik einführen (Kooperation von Text- und Bildwissenschaften, Nomenklatur- und Übersetzungsprobleme bei interkulturellen Forschungen usw.).
Im gleichen Sinne bemüht sich das Mittelalterzentrum um die Zusammenarbeit mit allen externen Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftlern und Forschungsunternehmen zum mittelalterlichen Jahrtausend, besonders soweit sie in Berlin und Brandenburg angesiedelt sind. Als Zentrum der Mediävistik in Stadt und Region soll es die Visibilität der Mittelalterforschungen allgemein steigern und in der Community der Akademie selbst sowie in der Öffentlichkeit für ein besseres Verständnis des Mittelalters werben. Neue Forschungsresultate werden deshalb neben Tagungen mit Vorträgen für ein interessiertes Laienpublikum auch bei Schulvorträgen und in Schülerlabors verbreitet.
Aufgrund seiner grundwissenschaftlichen, interdisziplinären und transkulturellen Anlage erstrebt das Mittelalterzentrum, ein Forum für neue Fragen der Mediävistik im weitesten Sinne zu bieten; dazu zählen repräsentative Plenarvorträge auswärtiger Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftler.